La formación cristiana alimenta la inteligencia con la doctrina de la fe, ayuda al alumno a adquirir hábitos de conducta y de piedad personal y a vivir, como hijo de Dios, conforme a la Voluntad de su Padre. La formación y la atención espiritual que se ofrece en el colegio se realiza de acuerdo con los principios fundamentales de la doctrina católica, teniendo un carácter voluntario, y con el mayor respeto por la libertad de las conciencias.

Este respeto a la libertad viene exigido por la naturaleza del acto de fe y por los principios de la moral –nada hay más interior y voluntario que el acto de fe, o que el amor a Dios–, pero no significa relativizar los contenidos de la fe o de la moral, para adaptarlos al sentimiento o al modo personal de entenderlos; ni es incompatible con estimular el interés por recibir esta formación, ya que la libertad de las conciencias se apoya en el derecho fundamental a buscar y aceptar la verdad, a formar la conciencia y a seguir sus dictados.

La Prelatura del Opus Dei, a petición de Fomento de Centros de Enseñanza, ayuda a dar continuidad a la identidad cristiana de los colegios, presente en el fin fundacional de Fomento, y nombra a los sacerdotes que desarrollan su trabajo a título personal, sin representar institucionalmente a la Prelatura.
     
El hecho de que la educación en los colegios de Fomento tenga en cuenta la dimensión trascendente de la persona y se realice con criterios cristianos es una consecuencia de la libertad de los padres para escoger el tipo de educación que desean para sus hijos y de la libertad de los profesores para trabajar de acuerdo con ese modelo educativo. Los colegios de Fomento no son confesionales, pero todas las actividades docentes y orientadoras se realizan con una profunda fidelidad al Magisterio de la Iglesia.